负压病房是一种要求病房内的气压要低于病房外气压的特殊病房。在这种情况下，为了空气流通只能让外面的新鲜空气流入病房内，但病房内被患者污染的空气也不会流出，为保证病房外面的空气安全，就需由负压排风系统接管二次过滤（排风口装有中效过滤器，排风机组装有高效过滤器）排放到一个固定的地方。这样，病房外的区域就不会受到污染，从而减少了医护人员感染的可能性。

负压病房内的空调系统以新鲜空气工作，室内空气不再循环过滤直接向外。四个负压病房和患者通道共用一台送风机组和排风机组，工作区也是共用一台送风机组和排风机组。考虑到负压特性，空调采用排风优先原则，各区域的送风机与排风机相连，如果排风机由于故障或其他原因，相应的风机停止运转。排风机组内采用两台风机，一用一备，并有延时停机功能。负压病房采用顶部送风和排风的气流组织方式，送风口在床脚上方，排风口在床边下方，所形成的单向气体组织方式，是为了确保医护人员在诊疗过程中，病房内始终处于洁净气流的上方，减少感染的可能性。